Vaarat ja Muisca on lisäosa, joka on Spelivinkin mielestä niin suositeltava, että siitä muodostuu MELKEIN pakollinen lisä El Dorado peruspeliin. Tämä johtuu siitä, että lisäosan temppelit-moduuli pakottaa pelaajia hakemaan avainjalokiviä ennen El Doradoon menemistä. Pelikenttiin tulee entistä enemmän vaihtelua, koska niitä pystyy lisäosan avulla rakentamaan kierteleviksi!
Muisca on ystävällinen paikallisheimo, joiden erikoiskortit auttavat pelaajia matkallaan. Näillä korteilla on sellainen ominaisuus, että ne voidaan pelata joko heti kun ne tulee käteen, tai niitä voi säästää pelilaatalla, kunnes niitä tarvitsee.
Vaaraheksoihin taas pelaaja ei voi lopettaa vuoronsa, mikä tekee pelaajien polusta viidakon läpi entistä hankalampi. Vaarat voidaan yhdistää temppeli-moduulin kanssa siten, että voidaan luoda vaikka oikotie radan läpi. Oikotie voi esimerkiksi olla lyhyempi, mutta vaarallisempi tie voittoon.
